Ještě před 165 lety se obecně tvrdilo, že současný kostel je starobylým kostelem svatého Klimenta, o kterém se zmiňuje svatý Jeroným ve 4. století. Když psal o svatém Klementovi, napsal, že kostel v Římě uchovával jméno a památku svatého Klementa až do jeho dnů, - nominis eius memoriam usque hodie Romae extructa ecclesia custodit. V roce 1857 si však otec Joseph Mullooly, převor kostela svatého Klementa, uvědomil, že úroveň terénu byla v minulosti mnohem hlouběji, provedl pod současným kostelem výkop a pod současným kostelem objevil původní baziliku ze 4. století. Při kopání pod tímto starobylým kostelem odhalil další, ještě hlubší komplex budov z 1. století.

Pozdější vykopávky, zejména ty, které v letech 1912-14 řídil otec Louis Nolan u příležitosti výstavby odvodňovacího kanálu mezi kostelem svatého Klementa a Koloseem, odhalily, že pod touto třetí archeologickou vrstvou se nachází ještě čtvrtá, k níž patřily budovy zničené Neronovým požárem v roce 64 n. l..

Při nedávných vykopávkách byla odkryta křtitelnice a sakristie dolního kostela. Křtitelnice je monumentální, s velkou křtitelnicí a několika velmi pěknými freskami. V sakristii neboli sekretáři se nacházejí zbytky mramorové podlahy ze 6. století. Tyto objevy jsou významným přínosem pro naše poznání liturgie v Římě 6. století.

Jak se všechny tyto starobylé stavby dostaly tak hluboko pod zem? V 1. století byla úroveň ulic v oblasti San Clemente asi 20 metrů pod úrovní dnešní. Po požáru v roce 64 n. l. byly zničené budovy opuštěny, zasypány zeminou a použity jako základy pro nové stavby. Tyto budovy se nacházely na úrovni, která víceméně odpovídá dnešní úrovni podlahy Kolosea.

Zdroj: basilicasanclemente.com