Současná bazilika se celkově prezentuje v románsko-gotických formách. Interiér, majestátní a slavnostní, je prostoupen intenzivní spiritualitou, vytříbenou v průběhu staletí. Podlahu tvoří nádherná polychromovaná mozaika ze 4. století, kterou archeologové vynesli na světlo v letech 1909-12; elegantní dřevěný strop ve tvaru lodního kýlu pochází z 15. století; mezi podlahou a stropem je tedy uzavřeno více než tisíc let uměleckohistorických událostí. Podlaha je největší raně křesťanskou mozaikou v západním světě (o rozloze dobrých 760 m²): už jen ta by poutníkovi stačila k tomu, aby se mu vyplatila dlouhá cesta do Ecclesia Mater, která je zapsána na seznamu světového kulturního dědictví. Mozaika byla částečně zničena instalací sloupů v pravé lodi; k tomu došlo na konci 4. století nebo, podle jiného názoru, po polovině 5. století. Základy sloupů jsou viditelné, protože na počátku 20. století byla odstraněna středověká červenobílá dlažba, pocházející z doby patriarchy Poponeho neboli Poppa (1031), aby se odhalila vzácná raně křesťanská mozaika.

Od vchodu můžeme pozorovat mozaikovou podlahu. Mozaika pokrývala jižní Theodorovu síň, jednu ze tří hlavních místností, které tvořily biskupské sídlo postavené v době císaře Konstantina. Theodor, jak připomíná epigraf vložený do podlahy (v Rybářské scéně), totiž vybudoval kultovní komplex dokonale vyhovující liturgickým potřebám té doby. Po zakoupení městské části, kde stály nějaké sklady, je nechal zbourat a postavil komplex ve tvaru písmene U: dvě rovnoběžné obdélníkové haly (jižní a severní), spojené příčkou, rovněž obdélníkovou; mezi oběma rovnoběžnými halami, východně od příčky, se nacházela křtitelnice, bohoslužebné prostory a vstup do celého komplexu. Z komplexu jsou v bazilice k vidění: mozaika jižního sálu, část cocciopesta příčného sálu, část mozaiky vstupní chodby; v kryptě vykopávek zbytky mozaiky severního sálu, zbytek cocciopesta spojovacího sálu a podlahy obslužných místností; zbytky primitivní baptisteria s eliptickým umyvadlem nejsou vidět. Podle některých badatelů sloužil Jižní sál jako katechumenát, zatímco Severní sál byl vyhrazen pro sloužení mše; jiní se domnívají, že je tomu naopak. Spojovací sál sloužil jednak jako převlékárna (před křtem ponořením), jednak k udělování svátosti biřmování.