Důležitým milníkem byl rok 1863 – tisíciletí příchodu sv. Cyrila a Metoděje na Velkou Moravu. Klíčovou roli v Selcích sehrál farář Július Plošic, který od roku 1854 pilně pracoval na obnově kostela a na pozvednutí duchovního a národního života věřících.

S podporou biskupa Štefana Moysese dosáhl změny v patronátu kostela (selčianský kostel se stal prvním na Slovensku zasvěceným sv. Cyrilovi a Metoději) a zadal banskobystrickému malíři Júliusu Jonášovi vytvoření nového oltářního obrazu.

Jeho slavnostní vysvěcení se po mnoha obtížích konalo 31. května 1863 na svátek Nejsvětější Trojice a stalo se velkou národně-církevní událostí.

Od časného rána přijížděly do Seleccié dlouhé průvody poutníků z celého okolí. Když se objevily na obzoru, ozvaly se salvy z důlních minometů, které duněly horami a oznamovaly začátek oslav. Spolu se zvoněním zvonů vytvořily silnou zvukovou kulisu, která vítala věřící při vstupu do obce. Spolu s nimi hrály i kapely z okolních vesnic, které poutníky doprovázely hudbou. Zvláštní pozornost upoutala kapela slavného liptovského primase Jožka Piťa, která zahrála nejen císařskou hymnu, ale i slovenské národní písně, čímž umocnila slavnostní atmosféru celého dne. Slavnost vyvrcholila mší svatou, během níž zazněly kvartety a mše Jána Levoslava Belly, speciálně složená pro tuto příležitost. Kázání pod širým nebem pronesli významní slovenští nacionalisté Štefan Závodník a Juraj Slota, kteří zdůraznili odkaz soluňských bratří pro víru a identitu Slováků. Velkolepost oslav podtrhly i pamětní medaile a velký „dort radosti“ – obrovský dort s výročním nápisem, který si účastníci oslavy rozdělili.

Na přelomu 19. a 20. století pokračoval v rozvoji farnosti farář František Šujanský. V letech 1894–1895 nechal rozšířit loď kostela a postavit západní věž, čímž dal kostelu jeho současnou podobu a interiér vyzdobil v novogotickém slohu. Kromě stavebních zásahů se věnoval i formování duchovního a národního povědomí věřících.

V 80. letech 20. století prošel interiér kostela významnou rekonstrukcí, která měla prostor přizpůsobit požadavkům nové liturgie po Druhém vatikánském koncilu. V presbytáři byl umístěn nový oltářní stůl a změny se dotkly i části původního neogotického zařízení. V roce 1996 byl původní oltářní obraz sv. Cyrila a Metoděje z roku 1863 restaurován a znovu umístěn do svatyně kostela. Od roku 1998 jsou Selce diecézním centrem úcty soluňských bratří, a to díky banskobystrickému biskupovi Rudolfu Balážovi, což vedlo k obnovení pravidelných cyrilometodějských poutí. Význam tohoto místa byl dále posílen umístěním relikvie sv. Cyrila v roce 2013, u příležitosti 1150. výročí příchodu misionářů na Velkou Moravu.