La visita inizia all’interno della Basilica superiore con pavimentazione cosmatesca e l’atrio del XII secolo. Tra le opere più interessanti che si possono ammirare nella chiesa vi sono quelle più antiche, come i mosaici dell’abside, la Schola Cantorum, con i due amboni per le letture e il candelabro per il cero pasquale, un complesso medievale costruito nel XII secolo utilizzando pannelli del VI secolo dalla chiesa inferiore. 

Inizia ora la discesa nei sotterranei e il primo livello visitabile è quello corrispondente alla Basilica del IV secolo d.C. che presenta, lungo le sue pareti, importanti affreschi dall’ VIII all’ XI secolo, periodo dell’ultima fase di vita, prima del suo interramento per la costruzione della basilica superiore. Qui è possibile ammirare l’affresco del Cristo fra Angeli e Santi e la rappresentazione della “Leggenda di Sisinnio” – databile tra il 1084 e il 1100 – che rappresenta un’importante testimonianza del primo volgare italiano.

Anche qui, in questa chiesa sotterranea, si trova il luogo caro a tanti, la venerata tomba di San Cirillo, apostolo del popolo slavo, patrono d'Europa e inventore di un alfabeto che sarebbe diventato l'alfabeto cirillico. Sulle pareti intorno alla tomba sono affisse numerose targhe degne di nota dei Paesi slavi dell'Europa meridionale e orientale, che rendono omaggio a San Cirillo e lo onorano come padre della cultura letteraria slava.

Riprendendo la discesa nei sotterranei, si giunge all’interno di un mitreo datato fine del II secolo d.C., sorto tra le pareti di una casa romana (una domus) più antica, realizzata nella seconda metà del I secolo d.C. Il mitreo era installato nel semi interrato cripto porticus della domus, un edificio con soffitto a stucchi e un triclinio. Qui si percorre una lunga serie di stanze di un edificio pubblico che oggi si ritiene facesse parte della zecca imperiale costruita in quest'area nel I secolo.