Kláštor si až do začiatku 18. storočia zachoval svoj románsky vzhľad, ale stav budov bol neuspokojivý. Vtedajší prepošt Antonín Pirmus preto pristúpil k celkovej a veľkoryskej rekonštrukcii. V roku 1718 Pirmus, známy ako druhý zakladateľ kláštora, poveril projektovými prácami Jana Blažeja Santiniho Aichla, ktorý navrhol štyri kvadranty okolo kostola svätého Petra a Pavla: prelaturu, konvent a dva hospodárske dvory. V roku 1722 sa začala stavba kostola, konventné budovy boli v prevádzke od roku 1755 a celý komplex bol dokončený v roku 1840.

Význam kláštora v priebehu stredoveku rástol. V roku 1234 udelil markgróf Přemysl kláštoru značné výsady. Kráľ Ján Luxemburský udelil v roku 1327 predstaveným kláštora právo na vykonávanie trestu smrti a Karol IV. potvrdil Břetislavovi privilégiá. Od roku 1540 zasadali rajhradskí opáti na moravskom zemskom sneme. Právo pontifikálií udelil probostom pápež Inocent IX. v roku 1687 a od tej doby smeli nosiť mitru, kríž, prsteň a berlu. Úplnej nezávislosti dosiahli rajhradskí mnísi v roku 1813, keď bolo opátstvo cisárom Františkom I. povýšené na opátstvo.

Benediktínsky kláštor v Rajhrade sa postupne stal uznávaným centrom vzdelanosti. Už v 14. storočí sa v literatúre preslávili opát Ján II. a mních Peter, ktorý tiež kreslil krásne iniciály. Mnoho rukopisov po sebe zanechali prior Lev (+1419), prior Placentinus (+1638), prior Celestin Arlet (+1683) a mnohí ďalší. Najväčší rozmach dosiahol kláštor v 18. a 19. storočí, keď sa preslávil rozširujúcou sa knižnicou a vedeckou činnosťou Bonaventúry Pitra – spovedníka Márie Terézie, doktora Řehoře Volného, doktora Bédy Dudíka, doktora Maura Kintery a ďalších vzdelaných rajhradských benediktínov.

Celé 20. storočie bolo pre benediktínov takmer zničujúce, ale najtemnejšie obdobie pre kláštor nastalo krátko po komunistickom prevrate. V noci z 13. na 14. apríla 1950 boli všetky mužské rehoľné rády v krajine prepadnuté ľudovými milíciami a jednotkami ŠtB v rámci „akcie K“. Rehoľníci boli internovaní a ich majetok prepadol štátu. V benediktínskom kláštore v Rajhrade sa potom vystriedali rôzne jednotky Československej ľudovej armády.

V roku 1990 boli zdevastované budovy vrátené rádu, ktorý s podporou mnohých inštitúcií, nadácií a darcov postupne rekonštruuje celý komplex. V roku 2005 tu bol otvorený Pamätník literatúry na Morave, ktorý spravuje slávnu benediktínsku knižnicu s 65 000 zväzkami kníh. Kláštor ožíva po štyridsaťročnej prestávke a nadväzuje tak na takmer tisícročnú históriu benediktínskej komunity v Rajhrade.